インフルエンザの出勤停止と休業手当・有給・傷病手当金 社員が休む5つの場合

厚生労働省が2026年10月23日に公表したインフルエンザの発生状況では、第42週(10月12日〜18日)の定点当たり報告数が9.08でした。流行入りの目安とされる1.00を大きく超えた状態が続いています。社員から「インフルエンザと診断されました」と連絡が来たとき、会社が決めること、払う賃金、出す書類が、場合によってどう変わるのかを表にまとめました。

5つの場合の早見表 賃金・休業手当・有給・傷病手当金

先に結論を表で示します。違いを生むのは、休む理由が本人の病気か、会社の判断か、という点です。

休業手当の考え方は、厚生労働省が新型インフルエンザ(2009年)と新型コロナウイルス感染症について事業者向けに示した説明と、労働基準法第26条にもとづいて整理しました。季節性インフルエンザだけを取り上げた事業者向けの説明は、2026年10月に確かめた範囲では見つかりませんでした。個別の判断は、社会保険労務士か労働基準監督署に相談してください。

出勤停止は会社の決まり 法律は就業を禁じていない

「出勤停止」という言葉は、2つの意味で使われます。ここを分けておかないと、規程も社員への連絡もずれます。

感染症法で見ると、季節性インフルエンザは5類感染症です(第6条第6項。鳥インフルエンザと新型インフルエンザ等感染症を除く)。就業制限を定める第18条の対象は、一類感染症の患者と、二類・三類感染症、新型インフルエンザ等感染症の患者または無症状病原体保有者で、5類は入っていません。都道府県知事が、働くことを制限する仕組みはありません。

労働安全衛生規則第61条の「病者の就業禁止」はどうでしょうか。条文は、病毒伝ぱのおそれのある伝染性の疾病にかかった者について、事業者は就業を禁止しなければならないと定めています。厚生労働省は、2009年の新型インフルエンザ(A/H1N1)の事業者向けQ&Aで、この規定には該当しないと説明しました。季節性インフルエンザと似た点が多いことなどが理由で、感染したことだけを理由に就業禁止の措置をとる必要はないとしています。ただし、医師が自宅療養を指導しているのに出勤させることは適当ではないとも書いています。季節性インフルエンザを直接取り上げた現在の説明は、確かめた範囲では見つかりませんでした。

つまり、法律が休みを命じるのではなく、会社が就業規則などで決めて運用することになります。

休む目安は「発症後5日」と「解熱後2日」 日数の数え方と流行の数字

会社が休みの基準を決めるとき、参考になるのが厚生労働省の「急性呼吸器感染症(ARI)総合対策に関するQ&A」(令和8年度冬季)のQ18です。

インフルエンザは、発症前日から発症後3〜7日間、感染性のウイルスを排出しているといわれています。このうち発症後1〜3日間は排出量が平均的に多く、外出を控える必要があります。解熱後もウイルスの排出は続きます。そのうえで、現在の学校保健安全法施行規則は、出席停止の期間を「発症した後5日を経過し、かつ、解熱した後2日(幼児にあっては、3日)を経過するまで」としている、と紹介しています。

これは学校の児童生徒の基準で、職場の決まりではありません。社員には参考になる目安ですが、会社の規程にそのまま書くかどうかは会社が決めます。咳やくしゃみが続くときは、不織布マスクを着けるなど周りへ配慮するよう、同じQ&Aは求めています。

数え方の例を表にしました。発症した日の翌日を1日目として数え、発症日と解熱日は0日目の扱いです。厚生労働省の資料に数え方の例は載っていないので、迷うときは医師に聞いてください。

Aは発症後5日の条件が、Bは解熱後2日の条件が、出社の時期を決めています。熱が下がるのが遅いほど、後ろの条件が効いてきます。

いまの流行の数字も、第36週から並べます。

定点当たり報告数は、全国の定点医療機関1か所あたりの患者報告数です。厚生労働省は、全国の値が「1.00」を超えた週を、原則として流行入りとしています。第42週の全国の報告数は33,864人で、昨年の同じ週の定点当たり3.26の約2.8倍です。第41週の12.81からは下がりましたが、目安の1.00をはるかに上回っています。第43週分は10月30日(金)の公表予定です。

判断の流れ 休ませるのは誰の判断か

場合ごとの答えは、2つの問いで決まります。休むのが本人の療養なのか、会社の判断なのか。そして、賃金を何で埋めるのか、です。

本人が自分で休む、または医師が自宅療養を指導した場合は、会社の責任による休業ではありません。通常の病欠と同じ扱いで、病気休暇の制度があればそれを使います。会社が「うつるといけないから」と判断して休ませる場合は、会社の都合の休業になり、労働基準法第26条の休業手当が必要になることがあります。

場合ごとの扱い

1 本人が発症して休むとき

医師の診断を受けて休む場合、賃金は通常の病欠と同じに扱います。モデル就業規則は、欠勤の場合に不就労分の賃金を控除するのを原則にしています(第18条第2項)。病気休暇の制度を会社が設けているなら(モデル就業規則第31条。法律で必ず定めるものではありません)、その日数と賃金の定めによります。

有給休暇を使うかどうかは、本人が決めます。厚生労働省のQ&Aは、年次有給休暇は原則として労働者の請求する時季に与えるものなので、使用者が一方的に取得させることはできない、としています。「欠勤になる」「有給にする」の選び方は、本人に聞いて決めてください。

欠勤の連絡で、り患証明書や陽性証明書の提出を求める必要はありません。令和8年度冬季のQ&AのQ19は、り患や陽性の判断は診察した医師が行うもので、証明書の作成が医療機関に過剰な負担をかけるおそれがあるため、職場が求めることは望ましくなく、提出は不要としています。

休みが4日以上続くときの傷病手当金

健康保険の被保険者であれば、協会けんぽの傷病手当金が使えることがあります。要件は4つです。業務外の病気やケガの療養であること、仕事に就けないこと、連続する3日間(待期)を含めて4日以上仕事に就けなかったこと、休んだ期間に給与の支払いがないことです。待期には有給休暇や土日・祝日などの公休日も含まれ、給与の有無は関係ありません。

支給されるのは、待期の3日が過ぎた4日目以降の、仕事に就けなかった日です。1日あたりの額は、支給開始日以前12か月の標準報酬月額の平均を30で割り、さらに3分の2をかけた額です。協会けんぽの例では、平均が17万円なら17万円÷30≒5,670円、その3分の2で3,780円です。

3日以内で出社する休みは、待期が成り立たず対象になりません。前の章の目安どおりに、発症後5日を経過するまで休むと、休みは6日以上になります。4日目以降に給与の出ない日があれば、その日が対象になります。有給休暇を使って給与が出た日は、傷病手当金は支給されません。給与が傷病手当金の額より少ないときは、差額が支給されます。長く休む場合の手続きは、休職の手続き 診断書の受け取りから傷病手当金・復職の判断までで説明しています。

2 家族が発症し、本人は元気なとき

同居の家族が感染しても、本人に症状がなければ、働くことはできます。本人が自分の判断で休むなら、欠勤か、本人の申し出による有給休暇です。傷病手当金は、本人の病気の療養が要件なので対象になりません。

会社が「家族が治るまで出勤を控えてほしい」と決める場合は別です。厚生労働省の2009年のQ&Aは、職務の継続が可能な労働者を使用者の自主的な判断で休業させるときは、一般的に「使用者の責に帰すべき事由による休業」にあたり、休業手当が必要としています。保健所の指導による大規模な集団感染の休業などは、手当が不要とされています。

在宅勤務ができるのに休業とした場合は、休業を避ける努力を尽くしていないと見られ、手当が必要になることがあります。出勤を控えさせるなら、先に在宅勤務を検討してください。

3 会社が休ませるとき 休業手当の計算

労働基準法第26条は、使用者の責に帰すべき事由による休業では、平均賃金の100分の60以上の手当を払うよう定めています。平均賃金は、原則として直前3か月の賃金の総額を、その期間の総日数で割った額です(第12条)。

例として、平均賃金が1日9,000円の社員なら、休業手当は1日5,400円以上です。1日の所定労働時間分の賃金が丸ごと出るわけではなく、60%以上を会社が払います。

厚生労働省の説明では、発熱などの症状があることだけを理由に一律に休ませるような、使用者の自主的な判断による休業は、休業手当の対象になるのが一般的です。一方、感染した本人が医師の指導で休む場合や、保健所の指導による休業は、一般に使用者の責に帰すべき事由にあたらないとされています。

有給休暇を会社が一方的に充てて、手当を払わずに済ませることはできません。

4 検査は陽性だが、熱がないとき

発熱がなくても、検査が陽性で医師が自宅療養を指導する場合は、1と同じです。指導に反して出勤させることは適当ではありません。

厚生労働省の資料では、熱のない陽性の人にどう対応するかを定めた説明は、確かめた範囲では見つかりませんでした。判断は、診察した医師の指示と、その日の症状によります。医師の指導がないのに、会社が陽性という結果だけで休ませる場合は、会社の自主的な判断にあたります。症状だけを理由に一律に休ませる場合の説明を当てはめると、休業手当の対象です。症状が軽いなら、在宅勤務に切り替える方法もあります。傷病手当金は、「仕事に就けない」という医師などの意見が前提です。協会けんぽは、この判定を療養担当者の意見をもとに、仕事の内容を考慮して行うとしています。

5 治った後に出社するとき

目安の日数(発症後5日、解熱後2日)を過ぎ、症状が軽快していれば、通常の勤務に戻れます。出社にあたって、治癒証明書や陰性証明書を求める必要はありません。

令和8年度冬季のQ&AのQ20は、診断や治癒の判断は医師が行うものだとしています。陰性を証明することは一般に困難で、医療機関にも過剰な負担がかかります。そのため、職場が治癒証明書や陰性証明書の提出を求めることは望ましくなく、提出は不要です。2009年のQ&Aも同じ考え方です。

会社が確かめるのは、本人の申告で足ります。「解熱から2日以上たったか」「咳が続いていないか」を、復帰の連絡のときに聞く形にします。

就業規則に書いておく5つの項目

季節性インフルエンザの扱いが規程に無い会社は、流行のたびに個別に判断することになります。常時10人以上の労働者を使う事業場では、変更の手続き(届出)も必要です。書く項目は次の5つです。

この条文はモデル就業規則を踏まえた文例です。実際の規程に入れる前に、社会保険労務士に確認してください。

予防と、予防接種の費用を会社が出すとき

流行期の職場の対策は、令和8年度冬季のQ&Aにも載っています。手洗いやうがいに加えて、体調が悪いときは人混みを避け、無理をして学校や職場に行かない、室内をこまめに換気する、予防接種を検討する、といった内容です。

予防接種の費用を会社が出す場合の税の扱いについて、国税庁のサイトで、インフルエンザの予防接種を直接取り上げた回答は確かめた範囲では見つかりませんでした。近い例として、国税庁の質疑応答事例の「人間ドックの費用負担」があります。希望者全員を対象に、一般的な範囲の健康診断の費用を負担するなら、給与として課税する必要はなく、役員や特定の地位にある人だけを対象にすると課税の問題が生じる、という回答です(所得税基本通達36-29)。予防接種が同じ扱いになるかは、国税庁の回答からは分かりません。補助を始める前に、顧問の税理士か所轄の税務署に確認してください。

規程と連絡の流れを確かめるチェックリスト

今シーズンの流行が続くうちに、次の6点を確かめておくと、社員から連絡が来たときに迷いません。

規程の作り方は就業規則とは 作る義務がある会社・届け出の手順と、社員が見ておきたい項目に、有給休暇の取り方と会社の決まりは有給休暇とは 付与日数と取り方・時季変更権の決まりをわかりやすくにあります。制度は2026年10月時点のものです。医療の判断は、診察した医師に相談してください。