iDeCoの年末調整 控除証明書の届く時期と保険料控除申告書の書き方

iDeCoの掛金を自分の口座から払っているなら、10月下旬に届く控除証明書を、会社の保険料控除申告書に添えて出します。そうすると、払った掛金の分だけ所得税が年末調整で精算され、払いすぎていた税が戻ってきます。給与天引きにしている人は、もう毎月の源泉徴収に反映されているので、何もしなくて大丈夫です。

2026年分のハガキの証明書は、10月23日に発送されています。¹郵便受けに、そろそろ届いているころではないでしょうか。

手続きが要るのは、自分の口座から払っている人だけ

iDeCoの掛金の払い方は2通りあります。自分の銀行口座から引き落とす「個人払込」と、会社が給与から天引きして納める「事業主払込」です。年末調整でやることは、どちらで払っているかで分かれます。

天引きの人の掛金は、給与から差し引いたうえで源泉徴収が行われているので、本人の申告は要りません。²国税庁の記載例でも、申告書に書くのは直接払った掛金で、給与から差し引かれた掛金は書かないとされています。³会社の企業型確定拠出年金で、自分も掛金を足すマッチング拠出をしている人も、給与からの天引きなら同じ扱いです。

どちらか分からないときは、給与明細を見てみてください。控除の欄にiDeCoや個人型年金の行があれば、天引きです。なければ、掛金の引き落とし口座の通帳を開いて、毎月26日ごろの引き落としを探します。掛金は、毎月の分を翌月26日に納める決まりだからです。⁴

年末調整で戻るのは所得税、住民税は翌年度に下がる

iDeCoの掛金は、その年に払った全額が「小規模企業共済等掛金控除」として所得から差し引かれます。⁵所得が減れば、そこにかかる税も減ります。

個人払込の人は、毎月の給与から引かれる所得税に、まだこの控除が入っていません。年末調整で1年分の控除をまとめて差し引くので、多めに引かれていた分が12月ごろの給与で戻る、という仕組みです。

戻る額の目安は、掛金に自分の所得税の税率をかけると出せます。月1万円、年12万円を払った人で計算してみました。

所得税の税率は、課税所得の金額で5%から45%まで分かれています。この表の3つは、そのうち低いほうの3段です。所得税には、2.1%の復興特別所得税が上乗せされます。⁶住民税の所得割は、所得の10%です。⁷

住民税にも同じ控除があり、年末調整の結果をもとに、翌年6月から引かれる住民税が下がります。住民税の流れは、住民税の特別徴収にまとめています。

自分の場合を知りたいなら、去年の源泉徴収票を出してみてください。「源泉徴収税額」が0円なら、所得税はもともとかかっていないので、年末調整で戻る所得税もありません。

控除証明書は、10月下旬にまとめて届く

控除証明書の正式な名前は「小規模企業共済等掛金払込証明書」です。国民年金基金連合会が、圧着ハガキで送ってきます。2026年分は、マイナポータル経由の電子データが10月21日から、ハガキが10月23日の発送です。¹

10月の一括発行で届くのは、1月から9月までに払い込みがあった人です。証明書の金額は、1月から9月に払い込んだ額に、10月から12月の払い込み予定額を足したものになります。⁸

その後も、11月下旬、12月下旬、翌年1月下旬に追加の発行があります。たとえば10月に初めて払い込んだ人の証明書は、11月下旬に発行されます。10月に送った証明書の金額が変わった人にも、追加で発行されます。⁸

届かないときは、まず住所と払い込みを確認

10月の発送から日がたっても届かないなら、次の2つを確認します。

1つ目は住所です。引っ越しのあとに住所変更をしていないと、前の住所に送られます。住所変更と証明書の再発行は、どちらも加入の手続きをした受付金融機関（運営管理機関）に申し出ます。⁹再発行は、受け付けてから2週間ほどかかります。¹⁰

2つ目は、1月から9月に実際に引き落としがあったかです。払い込みが一度もなければ、10月の一括発行の対象になりません。たとえば6月と12月に払う設定で、6月の引き落としができなかった人には、10月には届かず、12月に引き落とされたあと、翌年1月下旬に発行されます。¹⁰年1回12月だけ払う設定の人には、10月に予定額の証明書が届きます。

保険料控除申告書には、証明書の「合計金額」を書く

申告書の書き方は、それほど難しくありません。保険料控除申告書には「小規模企業共済等掛金控除」の枠があり、その中は4つの欄に分かれています。

1. 独立行政法人中小企業基盤整備機構の共済契約の掛金
2. 確定拠出年金法に規定する企業型年金加入者掛金
3. 確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金
4. 地方公共団体の心身障害者扶養共済制度の掛金

iDeCoは3つ目の「個人型年金加入者掛金」です。¹¹ここに、証明書に書かれた「合計金額」を書き写します。¹²

書く手順は次のとおりです。

1. ハガキを開き、左上に「重要」と書かれたページを探す
2. そのページの「合計金額」を、申告書の「個人型年金加入者掛金」の欄に書く
3. 枠の一番下の合計（控除額）の欄に、同じ金額を書く（ほかの掛金もあれば足す）
4. 「重要」のページを切り取り、申告書に添えて会社に出す

「重要」のページは、ハガキの一番右側。¹³掛金が少額でも、添付は必ず要ります。¹⁴

会社が年末調整を電子化していて、申告書をシステムで出すなら、ハガキの代わりに電子データの証明書を使える場合もあります。データは、マイナポータルと連携した「e-iDeCo」から受け取る形です。電子データの交付を申し込んでも、ハガキは今までどおり届きます。¹⁵使えるデータの形式は会社によるので、年末調整の担当に聞いてから準備すると、二度手間になりません。

11月と12月の引き落としに、残高を残しておく

10月に届く証明書には、10月から12月の分が「予定額」で入っています。もし口座の残高が足りずに引き落とせない月があると、証明書の金額と、実際に払った額がずれてしまいます。

10月の引き落としができなかった場合は、その分を反映した証明書が11月下旬に追加で発行されます。¹⁰一方、引き落とせなかった月の掛金を、あとから納めることはできません。¹⁰年末はボーナスや帰省で口座の出入りが多い時期です。26日の前に、残高を一度見ておきましょう。

予定額の証明書で年末調整をしたあとに、12月の引き落としができなかった場合は、確定申告で直すことになる、とよくある質問は案内しています。¹⁰

会社の締め切りに間に合わなければ、確定申告で

証明書が会社の締め切りに間に合わなくても、控除を受ける道はあります。確定申告書の小規模企業共済等掛金控除の欄に書き、証明書を添えるか、提出するときに見せる方法です。⁵まずは会社の担当に、遅れて出せるかを聞いてみてください。それでも難しければ、確定申告に回します。

令和8年分からは、確定申告書を令和9年1月1日以後に出す場合に限り、証明書を添える代わりに、一定の事項を書いた明細書を添えることもできるようになりました。⁵年末調整のときは、これまでどおり証明書の添付が要ります。

会社で受け取る担当の人へ

年末調整の担当として申告書を受け取る側なら、次の3点を見ておくと、あとで直す手間が減ります。

• 証明書の「合計金額」と、申告書の「個人型年金加入者掛金」の欄の金額が同じか
• 給与天引きの社員が、同じ掛金を申告書に重ねて書いていないか
• 個人払込の社員の申告書に、証明書の「重要」のページが付いているか

2つ目は見落としやすいところです。天引きの掛金は申告するまでもなく控除されるので、申告書にも書くと二重になります。¹⁴年末調整の全体の段取りは、年末調整2026の段取りにあります。

証明書が届いた日に、やること

掛金を積み立てるのは、何十年も先の自分のためです。でも、控除の手続きをすれば、税が軽くなるのは今年と来年。申告書に書く数字が、自分のお金の流れを1年分見直すきっかけにもなります。年末調整の書類全体の締め切りは、年末までにやることで1枚にまとめています。

この記事の中身は、国民年金基金連合会と国税庁、総務省の2026年10月29日時点の案内によります。税額の目安は、税率をかけただけの概算です。実際に戻る額は、ほかの控除や年末調整の結果で変わります。

注

1. 国民年金基金連合会（iDeCo公式サイト）「令和８年分 小規模企業共済等掛金払込証明書の発行について」（2026年10月1日） ↩ ↩²

2. 国民年金基金連合会（iDeCo公式サイト）ライブラリ「所得控除の手続きについて」の「手続きについて」 ↩

3. 国税庁「令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書の記載例」の「小規模企業共済等掛金控除」 ↩

4. 国民年金基金連合会（iDeCo公式サイト）ライブラリの「月別指定（年単位）拠出の考え方」 ↩

5. 国税庁 タックスアンサーNo.1135「小規模企業共済等掛金控除」（令和8年4月1日現在法令等） ↩ ↩² ↩³

6. 国税庁 タックスアンサーNo.2260「所得税の税率」。所得税の減る目安は、12万円に税率をかけ、その2.1%を足した額 ↩

7. 総務省「個人住民税」。道府県民税4%と市町村民税6%の合計。住民税の小規模企業共済等掛金控除は、地方税法第314条の2第1項第4号（市町村民税）など ↩

8. 国民年金基金連合会（iDeCo公式サイト）ライブラリ「所得控除の手続きについて」の「発行スケジュール」 ↩ ↩²

9. 国民年金基金連合会（iDeCo公式サイト）ライブラリ「所得控除の手続きについて」の「ご記入にあたっての注意事項」 ↩

10. 国民年金基金連合会「小規模企業共済等掛金払込証明書（控除証明書）に関するよくあるご質問（令和８年版）」の項番3、5、6、7、14、15 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵

11. 国税庁「令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書」の裏面の説明 ↩

12. 注9と同じ「ご記入にあたっての注意事項」。よくある質問の項番16も同じ ↩

13. 注10と同じよくある質問の項番17 ↩

14. 注11と同じ裏面の説明。給与から差し引かれた掛金は、申告書で改めて申告するまでもなく控除の対象とされる ↩ ↩²

15. 注10と同じよくある質問の項番18と20 ↩