年末調整の電子化の進め方 年調ソフトとマイナポータル連携の手順と準備

国税庁は2026年10月22日、令和8年分の年調ソフト(年末調整控除申告書作成用ソフトウェア)で、動作に影響する事象を確認したと年末調整手続の電子化のページに掲載しました。この記事では、この事象を入口に、会社が年末調整を電子化するときの仕組みと進め方を整理します。最後に、今年の事象で担当者が確かめることも書きました。内容は2026年10月24日時点です。

令和8年分の改正点や10月から2月までの段取りは、年末調整の段取り 2026年のスケジュールと改正点にまとめています。この記事は、電子化の仕組みと手順に絞ります。

年末調整の電子化とは何をデータにすることか

国税庁によると、年末調整手続の電子化とは、次の2つを行うことです。

1. 従業員が控除証明書等をデータで取得し、それを使って年末調整申告書をデータで作る。
2. 勤務先が、従業員から申告書と控除証明書等のデータを受け取り、そのデータで年税額を計算する。

これまでは、従業員が保険会社から届いたハガキを見て申告書に転記し、控除額を計算して書いていました。勤務先はその控除額を検算し、証明書を確認してから税額を計算していました。電子化すると、この転記と計算と検算が、ソフトとデータの取込みに置き換わります。

どの書類がデータにできるか

データで提供できる申告書は7種類です。扶養控除等申告書、配偶者控除等申告書、保険料控除申告書、住宅借入金等特別控除申告書、基礎控除申告書、所得金額調整控除申告書、特定親族特別控除申告書です。控除証明書等は、保険料控除証明書(生命保険料・個人年金保険料・介護医療保険料・地震保険料・社会保険料・小規模企業共済等掛金)、住宅借入金等特別控除証明書、年末残高等証明書が対象です。

証明書をデータで使うと勤務先の確認が減る理由は、発行した保険会社等の電子署名が付いているためです。データが書き換えられていれば、システムが検知します。年調ソフトは、自動入力された保険料の金額を後から修正すると、修正したことが分かるようになっています。

電子化は義務ではない

なお、源泉徴収票や給与明細をデータで交付するときは、事前に従業員の承諾が必要です。年末調整の書類のデータ提供とは扱いが違います。

3つの実施方法から選ぶ

国税庁の「電子化の進め方(勤務先編)」は、実施方法を3案に分けています。選ぶ基準は2つの質問です。1つ目は、給与システム等が控除申告書のデータを取り込めるか。2つ目は、従業員が控除証明書をデータで取得できるか。

案3では、従業員がデータで受け取った控除証明書を、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」でQRコード付きのPDFにして、書面で出します。控除証明書をデータで勤務先に出せるのは、申告書もデータで出す場合に限られるためです。

迷いやすい2つの点

1つ目は、書面の証明書をスキャンしたデータです。これは、発行者の電子署名が付いていないため、データの証明書としては受け取れません。従来どおり書面の証明書を出してもらいます。

2つ目は、年払い保険の「支払予定額のお知らせ」です。これは電子化の対象ではありません。申告書の提出期限までに支払時期が来ず、証明書がデータで取れなかった場合は、お知らせをもとに年調ソフト等に手入力してもらいます。

会社が整える4つの準備

国税庁は、勤務先の準備を、実施方法の検討・従業員への周知・給与システムの改修等の3つに整理しています。ここでは、実務の順に4つに分けました。

1 給与システムが取り込めるか確かめる

最初の確認は、いま使っている給与システム等が、年調ソフトなどで作られた申告書データを取り込めるかです。国税庁は給与システムを提供していません。取込みに対応しているかは、システムの開発元に確認します。

取込みに対応していないときは、案3で書面を受け取り、手入力を続けます。

2 データの受け取り方と本人の確かめ方を決める

データで受け取るには、会社が2つの措置を決めておく必要があります。

メールかUSBメモリで受け取るときは、提出データに電子署名を付けるか、パスワードを設定します。従業員ごとのIDとパスワードでログインする社員ページから出してもらう方法は、これらの要件を満たすとされています。

3 従業員に知らせる

データで受け取るのに従業員の同意は要りませんが、従業員側にも準備があります。マイナンバーカードの取得や、保険会社との連携設定に時間がかかるため、国税庁は年末調整の1〜2か月前までに周知するよう勧めています。

周知で伝えることは次のとおりです。

• 使うソフト(年調ソフトか、市販のソフトか)
• 申告書データの出し方と提出先
• 控除証明書をデータで取る方法(マイナポータル連携か、保険会社のサイトか)
• 勤務先の端末と個人の端末のどちらを使うか

国税庁は、周知用の資料(PowerPoint)を公開しています。表紙の社名と、申告書データの提出先のページを編集して使えます。社内ネットワークで外部サイトの閲覧やアプリのダウンロードを制限している会社は、年調ソフトの配付や、保険会社のサイトの閲覧許可を検討します。

4 データの保存と団体扱い保険

データで受け取った書類は、書面と同じく、提出期限の属する年の翌年1月10日から7年間、保存します。年調ソフトで印刷した申告書は、国税庁の様式と見た目が違いますが、法律で定められた記載事項は網羅されていて、法令上問題はないとされています。

会社で団体扱いの保険を取りまとめているときは、保険会社から支払情報のデータをもらい、年調ソフトの管理者機能と「電子的控除証明書等作成ソフト」で、従業員に配る控除証明書データを作る方法があります。

従業員が準備すること

勤務先は、従業員に次の準備を案内します。控除証明書をデータで取る方法は2つです。

マイナポータル連携では、マイナポータルの開設、民間送達サービス(e-私書箱やMyPostなど)の開設、保険会社等と民間送達サービスの連携設定が必要です。証明書が民間送達サービスに届くまで、数日かかることがあります。初めて連携する年に設定し、翌年以降に新しい証明書を連携するときは、一部の手順を行います。生計を一にする親族が契約者の証明書を取るには、その親族のマイナンバーカードと、マイナポータル上の代理権限の設定も必要です。

保険会社の対応状況

国税庁の一覧によると、電子控除証明書の発行に対応している保険会社は、次のとおりです。

対応していない会社の契約がある従業員は、その分だけ書面の証明書を手入力します。この場合も、ほかの証明書がデータなら、申告書はデータで出せます。住宅ローン控除は、居住年が平成31年(令和元年)以後でなければ、証明書をデータで提供できません。

年調ソフトの入手と使い方

年調ソフトは、国税庁が無償で提供するソフトです。令和8年分は2026年10月1日に正式版が公開されました。令和8年12月1日以後に行う、令和8年分の年末調整に対応しています。

入手の方法

App Store、Google Play Store、Microsoft Storeで「年末調整 国税庁」と検索します。ストアから入手できないパソコンは、国税庁のページから入手できます(令和8年分はWindows版がVer.7.0.1、Mac版がVer.7.0.0)。国税庁のよくある質問によると、令和9年度はスマートフォン版の年調ソフトだけを公開する予定です。パソコン版で出力した申告書データは、スマートフォン版に取り込んで移せます。パソコン版を使っている従業員には、来年に向けてスマートフォン版への切り替えを案内しておくと安心です。

入力の流れ

操作マニュアルでは、次の順で入力します。

1. 基本情報(住所・氏名・勤務先の情報)を入力する
2. マイナポータル連携をする(事前設定をした人のみ)
3. 作成する申告書を選ぶ(分からないときは質問に答えて、受けられる控除を確かめる)
4. 各申告書を入力する
5. 内容を確認し、出力形式(データか書面)を選んで、提出用のデータを作る

基礎控除申告書や所得金額調整控除申告書などは、基本項目から作られるため、通常は確認だけです。前年のデータを取り込めば、基本情報が自動で入ります。令和8年度の税制改正で新しく扶養親族や特定親族になる人がいる従業員は、扶養控除等申告書の異動の欄で、事由を「その他」、内容を「令和8年12月1日 改正」と入力します。

年調ソフトで困ったときは、国税庁の年調ソフトヘルプデスク(0570-02-4563、ナビダイヤル)が受け付けています。受付は9時から17時までで、10月1日から12月28日は毎日、1月4日から29日は平日のみです。

令和8年分の事象で担当者が確かめること

国税庁が10月22日に掲載した事象は2つです。どちらも、令和8年11月中旬頃に修正して再リリースする予定とされています。

事象1に当たる人の条件と影響

事象1は、次の3つがすべて当てはまるときに起きます。

• 扶養親族等の年齢が23歳未満
• その人について、「他の所得者の控除対象」を「はい」にした
• その人の令和8年分の所得の見積額が62万円超

年調ソフトの入力画面では、この項目は「あなたと同一生計内の他の所得者の扶養親族・配偶者・特定親族として控除を受けますか」という質問です。

影響として、国税庁は3つを挙げています。扶養親族を持たない(たとえば特定親族に当たる)のに、所得金額調整控除申告書や保険料控除申告書で、23歳未満の扶養親族を持つ扱いで作れてしまいます。その結果、所得金額調整控除額が過大になる場合と、生命保険料控除額が過大になる場合があります。さらに、これらの申告書データ(XML)の合計所得金額(見積額)が0円になります。

特定親族は、19歳以上23歳未満(平成16年1月2日から平成20年1月1日生まれ)で、合計所得金額が62万円超123万円以下の人です。扶養控除の対象の扶養親族には当たりません。

金額への影響が出る人

所得金額調整控除の最大15万円は、収入が1,000万円以上の場合です。計算式から編集部が計算しました。どちらの控除も、実際に23歳未満の扶養親族を持つ人には正しく使えます。事象で誤りになるのは、持たないのに持つ扱いになった人です。

確かめる手順

一般的には、次の順に進めると漏れが少なくなります。

申告書データの合計所得金額が0円になっているため、データだけでは見積額が分かりません。従業員に聞くのが確実です。年調ソフトの説明では、所得金額調整控除額の計算は勤務先が行うとされています。給与の収入が850万円以下の従業員は、所得金額調整控除の影響を受けません。

作り直してもらうかの判断

国税庁の資料に、すでに作成したデータの作り直しの要否や方法は書かれていません。再リリースの予定は11月中旬頃で、12月1日以後に行う年末調整より前です。ここからは編集部の整理です。

回収の締め切りを再リリースの後ろに置くと、作り直しの時間を見込めます。具体的な日は、会社の12月の給与の日程に合わせて決めてください。

紙との併用で受付を分ける

事象2のAndroid版の問題で、書面出力を選んだ従業員は、「電子データで出力する」を選んでPDFを保存して開きます。データで受け取る会社は、PDFは書面印刷用であることに注意してください。

紙の申告書を出す人と、データで出す人が混ざる場合は、受付を分けておくと混乱しません。たとえば、書面は担当者に直接、データは決めたメールアドレスか社員ページに出してもらいます。国外居住親族の関係書類や勤労学生の証明書は、法令上データで出せません。書面で出してもらいます。

今日からできること

1. 給与システムの開発元に、年調ソフトの申告書データの取込みに対応しているか確認する。
2. 案1、案2、案3のどれにするかを決める。決められなければ、希望する従業員だけで試す。
3. データを受け取る方法(メールか社員ページか)と、本人を確かめる方法(電子署名かIDとパスワード)を決める。
4. 周知の文書を作る。国税庁の周知用の資料の表紙の社名と提出先を直して使う。
5. 従業員へ、マイナポータル連携の事前設定は数日かかることがあると知らせる。
6. 23歳未満の家族がいる従業員に、家族の令和8年分の所得の見積額を確かめる。
7. 回収の締め切りと、書面で出す人の受付先を決める。

この記事は、2026年10月24日時点で国税庁が公表している資料をもとにしています。個別のケースの判断は、税理士や所轄の税務署、年調ソフトヘルプデスクで確かめてください。